Przodkami koni orientalnych, od których pochodzą konie gorącokrwiste, były prawdopodobnie koń Przewalskiego i tarpan; konie zimnokrwiste pochodzą natomiast od konia leśnego z Północnej Europy. Koń Przewalskiego jest obecnie jedynym przedstawicielem gatunku koni dzikich. Rasa konik polski wykazuje bardzo duże podobieństwo do tarpana, lecz nie jest genetycznie tą samą rasą (chociaż poza Polską koniki polskie bywają określane mianem tarpan). W styczniu 2007 zespół naukowców z Massachusetts Institute of Technology i Uniwersytetu Harvarda poinformował, że stworzył wstępną mapę genomu konia.